AMSA, a través de la División de Control, Calidad Ambiental y Manejo de Lagos, tiene como principal finalidad el monitoreo y control de la calidad del agua con relación a la carga de contaminantes y desechos. Algunas de sus funciones incluyen: el monitoreo periódico de las características fisicoquímicas, biológicas, Metales pesados y Contaminantes Orgánicos Persistentes del agua del Lago de Amatitlán y los principales Ríos de la cuenca, para establecer el estado en que se encuentran y poder brindar recomendaciones para su manejo y recuperación, así como evaluar la Biodiversidad de la cuenca a través de análisis del estado de salud de los peces y las aves. En resumen, el laboratorio contribuye al manejo sostenible del lago de Amatitlán y la protección del medio ambiente en la cuenca.